Problema
Representar árboles grandes es complicado.
Incluso un subconjunto pequeño del árbol es confuso.
Ej: Mycobacteriales, 1827 hojas
gtdb_tree |>
subset_tree_to_taxon("order", "Mycobacteriales") |>
ggtree()
Agrupar
- Y luego colapso los taxones usando triángulos
tree_myco <- gtdb_tree |>
subset_tree_to_taxon("order", "Mycobacteriales") |>
ggtree() |>
scale_tree_to_level("family") |>
collapse_tree_to_level("family")
tree_myco
La claridad aumenta mucho, pero la pérdida de información es
mínima
Enfrentar a datos
Por ejemplo, el tamaño del genoma, obtenido de GTDB
box_myco <- plot_stat_boxplot(tree_myco, level = "family")
myco <- plot_tree_and_boxplots(tree_myco, box_myco)
myco
Así puedo agrupar el árbol por taxones
Boxplots interactivos
tree_interactive <- gtdb_tree |>
subset_tree_to_taxon("order", "Mycobacteriales") |>
ggtree() |>
scale_tree_to_level("family") |>
annotate_taxon_nodes("family") |>
collapse_tree_to_level("family") |>
add_bootstraps() |>
add_tips()
boxplot_interactive <- plot_stat_boxplot(
tree_interactive,
stat = "gc_percentage",
level = "family",
show_quartiles = TRUE
)
myco_interactive <- girafe(
ggobj = plot_tree_and_boxplots(
tree_interactive,
boxplot_interactive)
)
Zoom in: Mycobacteriaceae
tree_interactive <- gtdb_tree |>
subset_tree_to_taxon("family", "Mycobacteriaceae") |>
ggtree() |>
scale_tree_to_level("genus") |>
annotate_taxon_nodes("genus") |>
collapse_tree_to_level("genus")
boxplot_interactive <- plot_stat_boxplot(
tree_interactive,
stat = "gc_percentage",
level = "genus",
show_datapoints = TRUE # Añado la nube de puntos
)
myco_interactive_2 <- girafe(
ggobj = plot_tree_and_boxplots(
tree_interactive,
boxplot_interactive)
)
